2019년, 재학생의 SNS 제보로 광주광역시교육청(이하, 광주시교육청)이 고려고를 특별 감사한 결과 대규모 학사 비리가 사실로 확인되었다.

상위권 학생에게 일부 시험문제를 사전 유출, 상위권 학생을 여러 방법으로 특별관리, 명문대 입시 중심의 교육과정 편법 운영, 대입 학교장 추천 전형 부실 운영 등이 그 사례이다.

광주시교육청은 특별감사 결과를 토대로 학교관리자인 교장과 교감에 대해 파면과 해임 등 중징계를 요구했으나, 그간 고려학원 측은 부당한 관행을 되돌아보기는커녕, 기자회견과 현수막 게시 등을 통해 ‘왜 우리 학교만 가지고 그러냐?’는 물귀신 작전과 ‘협박과 조작을 통해 한 감사다.’는 거짓 이야기판으로 일관해 왔다.