공진단의 한자는 '拱辰丹'으로, 한의학자 소재진 선생님의 말씀에 따르면 '辰'자는 '별 신'으로 해석해야 옳다고 한다. 즉, 원래는 공신단이 정확한 의미의 표기이지만, 대중적으로는 공진단으로 읽고 있다.

공신단은 '북극성을 중심으로 모든 별들이 잘 돌아간다'는 의미의 논어 한 구절을 따와서 지어졌는데, 공신단을 복용해서 몸이 튼튼해지면 모든 병도 저절로 잘 정리가 된다는 의미를 내포하는 이름으로 병의 근원을 치료하는 약이라는 뜻이다.