영화 ‘자산어보’에서는 조선 후기에 천주교인들을 탄압한 신유박해 당시 서민들의 삶을 사실적으로 감상할 수 있다. 당시 흑산도 어민들의 삶과 세금인 전정, 군정, 환곡으로 착취당하는 삶이다.

전반부의 시점은 정약전(설경구)을 중심으로 전개된다. 정약전은 신유박해 때 동생 정약용(류승룡), 정약종(최원영)과 함께 천주교와 서양 학문인 서학에 심취했다는 이유로 처벌을 받는다.

마지막까지 천주교 신앙을 내세운 정약종은 참수형을 당하고 표면적으로나마 배교를 선택한 정약전과 정약용은 귀양살이를 한다. 정약전은 그렇게 흑산도로 간다.

정약전이 흑산도에서 창대(변요한)를 만나면서 시점은 두 사람을 중심으로 전개된다. 영화는 두 사람의 시점을 통해 흑산도 어민들의 삶을 사실적으로 표현한다.

홍어, 가오리, 짱뚱어 등의 생선을 낚시로 잡고 해체하는 모습을 있는 그대로 담는 것. 생선들뿐만 아니라 문어, 전복 등의 모습을 생생하게 비추는 장면은 정약전의 책 자산어보가 우리나라 최초의 해양생물 백과사전인 것과 맥이 닿는다.

영화는 학문을 배우는 이유에 대한 메시지를 전하고 있다. 학문을 배우고 익혀도 그것을 사람들을 위해서 사용하지 않고 자신의 이익을 챙기는 데 사용하면 수많은 비극을 발생시킨다는 것. 이것은 흑산도 사람들의 삶과 뭍 사람들의 삶의 대조를 통해 잘 나타난다.